이 책은 할아버지가 어린 시절 때 이상한 능력을 가진 아이들이 살았다던 어린이집을 손자 제이크가 찾아가 할아버지의 비밀을 파헤치는 이야기이다.

어느날 할아버지가 제이크에게 옛날에 있었던 이상한 이야기를 들려주었다.

제이크는 그 이야기를 믿었지만 부모님은 할아버지가 이상한 말씀을 하시는거라고 하며 믿지 않았다.

그러던 어느날 제이크는 이상한 어린이집이 있는 마을을 가게 되었고 마을 아이들을 통해 어린이집을 찾게 되었지만 어린이집은 부숴지고 낡아있었다.

안을 보기 위해 들어가서 구경 하던 중에 이상한 소녀를 보게 되었다. 그 소녀는 바로 이상한 이야기에 나오는 한 소녀 이었다. 그것을 보고 놀란 제이크는 도망을 가다가 넘어져 기절을 했고 정신을 차리자 이야기 속에 나오는 모든 아이들이 제이크 눈 앞에 있었다. 제이크는 아이들과 짧게 이야기를 하고 처음에 만나 소녀가 따라오라 해서 루프를 통해 과거로 갔다. 과거에 있는 어린이집은 부숴지지도 않고 아주 깨끗한 어린이집이었다. 그런데 나중에 전쟁으로 인해 다 부숴지는데 원장 페레그린이 시간을 다루는 능력이 있어 어린이집이 부숴지지 않고 매일 같은 시간을 보내며 산다. 제이크는 원장 페레그린에게 아이들에게 어떤 능력을 가지고 있는지  이야기를 통해 알게 되고 제이크는 매일매일 루프를 통해 집과 어린이집을 왔다갔다 하며 지냈다. 그러던 어느날 악당 바론이 루프를 통해 어린이집으로 가는 것을 알게 되고 어린이집으로 간 바론은 새로도 변신할 수 있는 원장 페레그린을 납치해 간다 그래서 시간을 돌리지 못하니 어린이집이 곧 있으면 부숴지는 것을 알고 아이들의 도망을 나온다 그러고 아이들은 자신의 능력으로 원장 페레그린을 구하러 가서 페레그린을 구하지만 만나지는 못한다.

그런 후 몇일 지나 제이크는 모든 루프를 지나고 지나서 다시는 못 만날 것 같았던 그 이상한 아이들을 만나게 되면서 이야기가 끝이 난다.